1avwb_409        1  ---DFVLDNEGNPLENGGTYYILSDI--TAFGGIRAA-PTGNE--R-CPLTVVQSRNELDKGIGTIISSP----Y---R-   63  
1tie_409         1  ----VLLDGNGEVVQNGGTYYLLPQVW-AQGGGVQLA-KTGEE--T-CPLTVVQSPNELSDGKPIRIESR----L---R-   63  
1eyla_409        1  EFDDDLVDAEGNLVENGGTYYLLPHIW-AHGGGIETA-KTGNE--P-CPLTVVRSPNEVSKGEPIRISSQ----F---L-   67  
SPR1_IPOBA/4     1  ----PVLDINGDEVRAGGNYYMVSAIWGAGGGGLRLA-HLDM--MSKCATDVIVSPNDLDNGDPITITPA----TADPE-   68  
KTI1_SOYBN/2     1  ----FVLDTDDDPLQNGGTYYMLPVMR-GKGGGIEVD-STGKE--I-CPLTVVQSPNELDKGIGLVFTSP----L---H-   63  
ITRA_SOYBN/2     1  ----FVLDNEGNPLENGGTYYILSDI--TAFGGIRAA-PTGNE--R-CPLTVVQSRNELDKGIGTIISSP----Y---R-   62  
IT1A_PSOTE/2     1  ----PLLDSEGELVRNGGTYYLLPDRW-ALGGGIEAA-ATGTE--T-CPLTVVRSPNEVSVGEPLRISSQ----L---R-   63  
IDE3_ERYCA/1     1  ----VLLDGNGEVVQNGGTYYLLPQVW-AQGGGVQLA-KTGEE--T-CPLTVVQSPNELSDGKPIRIESR----L---R-   63  
IECI_ERYVA/2     1  ----PLVDLEGNLVENGGTYYLLPHIW-ALGGGIEAA-RTGKE--T-CPLTVVQSPFEVSNGEPIRIASQ----F---L-   63  
ICW3_PSOTE/2     1  ----DLVDAEGNLVENGGTYYLLPHIW-AHGGGIETA-KTGNE--P-CPLTVVRSPNEVSKGEPIRISSQ----F---L-   63  
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    |   | 
1avac_409        1  ADPPPVHDTDGHELRADANYYVLSANR-AHGGGLTMA-PGHG--RH-CPLFVSQDPNGQHDGFPVRITPYGV--A---PS   70  
1wba_409         1  --DDPVYDAEGNKLVNRGKYTIVSF---SDGAGIDVV-ATGNENPE-DPLSIVKST-RNI-MYATSISSEDKTPP---Q-   67  
WIN3_POPSP/3     1  ----AVLDFYGREVQAGASYLIDQE----DF---RVVNATIN--PI-CNSDVILST-GIE-GLPVTFSPV--INS---T-   58  
IAAS_ORYSA/4     1  ----PVYDTEGHELSADGSYYVLPASP-GHGGGLTMA-PRRV--IP-CPLLVAQETDERRKGFPVRFTPWGG--A---AS   66  
IAAS_HORVU/2     1  ----PVHDTDGHELRADANYYVLSANR-AHGGGLTMA-PGHG--RH-CPLFVSQDPNGQHDGFPVRITPYGV--A---PS   66  
ASP_THECC/30     1  ----PVLDTDGDELQTGVQYYVLSSISGAGGGGLALGRATGQ---S-CPEIVVQRRSDLDNGTPVIFSNADS------K-   65  
MIRA_RICDU/3     1  ----PVLDIDGEKLRTGTNYYIVPVLR-DHGGGLTVS-ATTPNGTFVCPPRVVQTRKEVDHDRPLAFFPE-N--P---K-   67  
IT2_PSOTE/2-     1  ----ELVDVEGKTVRNGGTYYLVPQLR-PGGGGMEAA-KVGNE--D-CPLTVVKSLDENSNGEPIRIASR--L-----R-   63  
ITRY_ACACO/2     1  ----ELLDADGDILRNGGAYYILPALR-GKGGGLTLA-KTGDE--S-CPLTVVQAQSETKRGLPAVIWTP----P---K-   63  
ALB1_PSOTE/4     1  ----PVYDAEGNKLVNRGKYTIVSF---SDGAGIDVV-ATGNENPE-DPLSIVKST-RNI-MYATSISSEDKTPP---Q-   65  


1avwb_409       64  IRFIAEGHPLSLKFD-SFAVIMLCVG-I--P--TE-WSVV--E-D-LPEG-PA-VKIGE-NKD--A---M-D-GWFRLE-  121  
1tie_409        64  SAFIPDDDKVRIGFA-Y-A----PKCAP--S--PW-WTVV--------EG-LS-VKLSEDE----STQ-F-D-YPFKFEQ  115  
1eyla_409       68  SLFIPRGSLVALGFA-N-P----PSCAA--S--PW-WTVV----D-SPQG-PA-VKLSQQK----L-P-EKDILVFKFEK  123  
SPR1_IPOBA/4    69  STVVMASTYQTFRFN-I-ATNKL--CVN--N--VN-WGIQ--H-D-SASG-QYFLKAGEFV----S----DNSNQFKIE-  125  
KTI1_SOYBN/2    64  ALFIAERYPLSIKFG-SFAVITLCAG-M--P--TE-WAIV----E-REGL-QA-VKLAARD----T---V-D-GWFNIER  120  
ITRA_SOYBN/2    63  IRFIAEGHPLSLKFD-SFAVIMLCVG-I--P--TE-WSVV--E-D-LPEG-PA-VKIGE-NKD--A---M-D-GWFRLER  121  
IT1A_PSOTE/2    64  SGFIPDYSVVRIGFA-N-P----PKCAP--S--PW-WTVV--E-D-QPQQ-PS-VKLSELK----STK-F-D-YLFKFEK  119  
IDE3_ERYCA/1    64  SAFIPDDDKVRIGFA-Y-A----PKCAP--S--PW-WTVV--E-D-EQEG-LS-VKLSEDE----STQ-F-D-YPFKFEQ  119  
IECI_ERYVA/2    64  STFIPDGSPYAIGFA-N-P----PSCAA--S--PW-WTVV----E-TSEG-LA-VKLLE-HKT----P-EEDDTKFKFQK  119  
ICW3_PSOTE/2    64  SLFIPRGSLVALGFA-N-P----PSCAA--S--PW-WTVV----D-SPQG-PA-VKLSQQK----L-P-EKDILVFKFEK  119  
                    ||||||||||||||| | ||||||||||  |  || ||||  | | |||| || |||||||||  ||| |||||||||||
1avac_409       71  DKIIRLSTDVRISFR-A-Y---TTC-LQ--S--TE-WHID--S-ELAAGR-RH-VITG-PVKD--PSPSGRE-NAFRIEK  130  
1wba_409        68  PRNILENMRLKINFA-T-D---P--H-K--G--DV-WSVV----DFQPDG-QQ-LKLAGRYPN--Q---V-K-GAFTIQK  121  
WIN3_POPSP/3    59  DGVIREGTLITVSFD-A--S---TCGMA--GVTPM-WKIG--F-NSTAKG-YI-VTTGG-V-D--R---L---NLFKITK  114  
IAAS_ORYSA/4    67  PRTLRVSTDVRIRFN-A--A---TLCVQ--S--TE-WHVG--D-EPLTGA-RR-VVTG-PL--IGPSPSGRE-NAFRVEK  126  
IAAS_HORVU/2    67  DKIIRLSTDVRISFR-A-Y---TTC-LQ--S--TE-WHID--S-ELAAGR-RH-VITG-PVKD--PSPSGRE-NAFRIEK  126  
ASP_THECC/30    66  DDVVRVSTDVNIEFV-P---IRDRLCST--S--TV-WRLD--NYDNSAGK-WW-VTTDG-VKGE-PGPNTLC-SWFKIEK  129  
MIRA_RICDU/3    68  EDVVRVSTDLNINFS-A-F--MPCRWTS--S--TV-WRLDKYD-E-STGQ-YF-VTIGGVKGN--PGPETIS-SWFKIEE  131  
IT2_PSOTE/2-    64  STFIPEYSLVNLGFA-D--P---PKCAP--S--PF-WTVV--K-D-QSERLPS-IKLGE-YKDS-----ELD-YPFKFER  120  
ITRY_ACACO/2    64  IAILTPGFYLNFEFQPR-D---LPACLQKYS--TLPWKV---E-G---ES-QE-VKIAPKEKE--Q---FL-VGSFKIKP  122  
ALB1_PSOTE/4    66  PRNILENMRLKINFA-T-D---P--H-K--G--DV-WSVV----DFQPDG-QQ-LKLAGRYPN--Q---V-K-GAFTIQK  119  


1avwb_409      122  RV-SE-FNNYKLVFC------PQ-DK---CGDIGISIDH-DDGTRRLVV-SK-NKPLVVQFQKLD--  171  
1tie_409       116  -VSDQ-LHSYKLLYCE-----GKHEK---CASIGINR-D-QKGYRRLVV-TE-DYPLTVVLKKDE--  166  
1eyla_409      124  VSHSN-IHVYKLLYCQ-HDEEDVK-C---DQYIGIHR-D-RNGNRRLVV-TE-ENPLELVLLKAKS-  179  
SPR1_IPOBA/4   126  LVDAN-LNSYKLTYCQ----FGS-DK---CYNVGRFHDH-MLRTTRLAL---SNSPFVFVIK--P--  175  
KTI1_SOYBN/2   121  VSRE--YNDYKLVFCP-QQAED--NK---CEDIGIQI-D-DDGIRRLVL-SK-NKPLVVQFQK----  171  
ITRA_SOYBN/2   122  VSDDE-FNNYKLVFCP-QQAED--DK---CGDIGISIDH-DDGTRRLVV-SK-NKPLVVQFQK----  174  
IT1A_PSOTE/2   120  -VTSK-FSSYKLKYC------AKRDT---CKDIGIYR-D-QKGYERLVV-TD-ENPLVVIFKK----  167  
IDE3_ERYCA/1   120  -VSDQ-LHSYKLLYCE-----GKHEK---CASIGINR-D-QKGYRRLVV-TE-DYPLTVVLKK----  168  
IECI_ERYVA/2   120  VSSPN-RYVYNLSYCQ-REDDDLK-C---DQYIGIRR-D-AKGYRRLVV-TN-DNPLELVLVK----  172  
ICW3_PSOTE/2   120  VSHSN-IHVYKLLYCQ-HDEEDVK-C---DQYIGIHR-D-RNGNRRLVV-TE-ENPLELVLLK----  172  
                    ||||| |||||||||| |||||||||   |||||||||| ||||||||| || ||||||||||||| 
1avac_409      131  YSGAE-VHEYKLMSC------G--DW---CQDLGVFRDLKG-GAWFLGA--T-EPYHVVVFKKAPPA  181  
1wba_409       122  G-SN-TPRTYKLLFCP----VG--SP---CKNIGIS-TD-PEGKKRLVVSYQ-SDPLVVKFHRH---  171  
WIN3_POPSP/3   115  FESDS--SFYQLSYCP--NSEPFCEC--PCVPVGAN-SD-----KYLAP--N-VSYADFRFKPDA--  164  
IAAS_ORYSA/4   127  Y-GGG----YKLVSC-------R-DS---CQDLGVSR-D-GAGAAWIGASQ---PPHVVVFKK----  168  
IAAS_HORVU/2   127  YSGAE-VHEYKLMSC------G--DW---CQDLGVFRDLKG-GAWFLGA--T-EPYHVVVFKK----  173  
ASP_THECC/30   130  A-G---VLGYKFRFCP---SV-CDSCTTLCSDIGRH-SD-DDGQIRLAL--S-DNEWAWMFKK----  179  
MIRA_RICDU/3   132  FCGSG---FYKLVFCP-TVCGSCKVK---CGDVGIYI-D-QKGRRRLAL--S-DKPFAFEFNK----  182  
IT2_PSOTE/2-   121  VYAASKMYAYKLLYCGSEDEEEEM-M---CKDIGVYR-D-QEGYQRLVVSK--HNPLVVGFKK----  175  
ITRY_ACACO/2   123  Y--RD---DYKLVYCE-GNSDD--ES---CKDLGISI-D-DENNRRLVV-KD-GHPLAVRFEK----  170  
ALB1_PSOTE/4   120  G-SN-TPRTYKLLFCP----VG--SP---CKNIGIS-TD-PEGKKRLVVSYQ-SDPLVVKFHR----  168  

--------------------------------------------
alignalign-0.9.6 (time optimized)
Gap open cost: 2
Gap extension cost: 11
Cost matrix: kun.good_matrix
Input alignments from:
example_kunA, 10 sequences
example_kunB, 10 sequences
Solution alignment written to: stdout
Solution alignment length: 227
Solution alignment cost: 528533
--------------------------------------------